5000元不需要缴税。
工资5000元不需要缴纳个人所得税，因为个人所得税的起征点为5000元，具体来看，职工工资范围在1-5000元之间的，含5000元的，适用的个人所得税税率为0%。也就是说，职工工资为5000元及以内的话，无需缴纳个人所得税。
扣缴个人所得税的一般流程如下：
1、发工资前，计算职工应发工资金额及个税金额；
2、根据职工应纳个税资料，到地税网上做综合申报；
3、完成申报后，打印缴款书（去银行缴款）；
4、做个税的明细申报；
5、检查明细申报是否成功（总金额是否与缴款金额相符）。
综上所述，工资5000元不需要缴纳个人所得税，应交税金=（5000-5000）乘3%=0元，应纳个人所得税税额=应纳税所得额*适用税率-速算扣除数，应纳税所得额=年度收入额-准予扣除额，准予扣除额=基本扣除费用（6000元）+专项扣除+专项附加扣除+依法确定的其他扣除。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
第三条
个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。